Ressources générales

http://www.biology.ed.ac.uk/research/groups/jdeacon/microbes/
Le monde microbien : les microorganismes et leurs fonctions. Ce site est produit par Jim Deacon de l’Université d’Edinbourg. Des informations sur différentes espèces de bactéries vous sont proposées ainsi que sur des microorganismes impliqués dans des maladies humaines et animales. A découvrir aussi les relations entre les microorganismes au cours de l’évolution (en anglais ).

http://www.pasteur.fr/
Site de l’ Institut Pasteur. Vous pouvez consulter les rapports d’activités de recherche des différents laboratoires de cet institut. Ce site présente une section consacrée aux offres d’emploi et une section listant les conférences et congrès de l’Institut Pasteur. Vous trouverez également une banque d’images et vous pourrez accéder au Centre de Ressources Biologiques de l’Institut Pasteur (CRBIP). Sur la page d’accueil, le dossier « maladies infectieuses » vous donne des informations sur un certain nombre de maladies comme la salmonellose. Dans l’onglet « Santé », les voyageurs pourront trouver les vaccinations à pratiquer et les recommandations nécessaires pendant le séjour.

http://www.bact.wisc.edu/Microtextbook/index.php
Microbiologie et bactériologie : le monde des microbes. Deux niveaux d’informations. La section Virtual Microbiology vous donne des conseils sur les techniques en microbiologie allant de la culture bactérienne à la caractérisation et l’identification des bactéries. Un second niveau vous apporte des informations concernant l’histoire de la microbiologie, la structure et l’organisation cellulaires et les défenses animales contre les bactéries. (En anglais )

Escherichia coli

http://ecoli.bham.ac.uk/
Un guide complet d’informations sur le modèle bactérien Escherichia coli. Ce site contient des liens pour les sites Echobase (une base de données des gènes et des produits de gènes caractérisés depuis l’achèvement du séquençage du génome) et coliBASE (comparaison des génomes d’E. coli). Ce site permet aussi d’accéder à différentes bases de données et à des journaux (en anglais ).

http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/pec/
Profiling of Escherichia coli Chromosome (PEC) est une base de données rassemblant des informations sur le génome de la souche MG1655 d’E. coli. Une attention particulière est portée sur la fonction de chaque gène. Les gènes sont classés en essentiel, non essentiel ou inconnu pour la croissance cellulaire. La base de données PEC contient une liste des gènes homologues à d’autres séquences bactériennes séquencées (en anglais ).

http://genprotec.mbl.edu/
GenProtEC est une base de données génomique et protéomique dédiée à Escherichia coli K-12 (souche MG1655). Les gènes sont classés par fonction et les protéines par groupe de similarité. La base peut être interrogée par le nom du gène, le type de gène ou par son rôle physiologique (en anglais ).

http://www.genome.wisc.edu/
Le E. coli Genome Project de l’University of Wisconsin-Madison. Spécialisé dans le domaine du séquençage génomique de la souche E. coli K-12, ce site présente les caractéristiques fonctionnelles de cette souche ainsi que l’analyse de séquences de souches pathogènes d’E. coli et d’autres bactéries. L’état d’avancement de différents projets de séquençage de génomes de bactéries pathogènes est indiqué. Une liste de publications sur le sujet est également fournie (en anglais ).

http://www.uni-giessen.de/ecoli/ECDC/ecdc.html
Ce site de l’International E. coli Alliance (IECA) est un portail de bases de données sur E. coli. Ce site abrite plus de 30 bases de données traitant en particulier de la génomique, de la protéomique et des voies du métabolisme. Ces bases de données concernent essentiellement la souche d’E. coli K-12 et des souches d’E. coli pathogènes. Les autres sites regroupent une grande variété de souches (en anglais ).

http://ecocyc.org/
EcoCyc est une base de données sur la bactérie Escherichia coli K-12 MG1655. Ce site contient des informations sur le génome complet de cette bactérie. Il apporte aussi des données sur la régulation transcriptionnelle, les transporteurs et les voies du métabolisme chez E. coli (en anglais ).

Salmonella

http://www.salmonella.org/
Ce site fournit des informations sur Samonella enterica. Il est destiné aussi bien aux chercheurs qu’au public. Vous trouverez des informations sur les projets de séquençage des génomes de Salmonella. Une section comporte des informations sur les Salmonella chez les reptiles et une autre donne des liens vers d’autres sites du domaine (en anglais ).

http://genomeold.wustl.edu/sub_genome_group.cgi?GROUP=3&SUB_GROUP=3
Site du Genome Sequencing Centre abrité par le Washington University of Saint Louis. La section
« The Enteric Bacteria » contient une liste d’entérobactéries en cours de séquençage et une liste d’entérobactéries entièrement séquencées. Parmi ces bactéries, se trouvent les séquences génomiques de différentes souches de Salmonella (en anglais ).

Nomenclature

http://www.bacterio.cict.fr/bacdico/garde.html
Dictionnaire de bactériologie vétérinaire édité par la Société de Bactériologie Systématique et Vétérinaire (SBSV). Ce dictionnaire apporte des informations assez complètes sur des souches bactériennes du domaine vétérinaire. L’accès à l’information se fait soit par l’index alphabétique des taxons, soit par celui des noms de maladies. Vous pourrez tout connaître de la nomenclature des procaryotes et comprendrez l’apport du latin dans cette nomenclature. La nomenclature indiquée est en accord avec les références suivantes : Approved Lists of Bacterial Names, International Journal of Systematic Bacteriology and International Journal of Systematic and Evolutionary Bacteriology.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=bacname.TOC&depth=2
Livre en ligne : Approved Lists of Bacterial Names; Skerman, V.B.D.; McGowan, V. Sneath, P.H.A., édité par l’American Society for Microbiology. La nomenclature est classée par noms de taxons au-dessus du genre, puis par genres, espèces et sous-espèces. Un index des changements de nomenclature de bactéries et de levures est également donné (en anglais ).

Cours et ressources pédagogiques

http://textbookofbacteriology.net/
Ce manuel a été écrit par Kenneth Todar pour ses cours de bactériologie à l’University of Wisconsin-Madison. Ce manuel traite de microbiologie générale et de bactériologie médicale. Une section est consacrée à la relation des bactéries avec l’animal et une autre aux principes de la pathogenèse bactérienne (en anglais ).

http://www.microbes-edu.org/
Site en français destiné plus particulièrement aux étudiants en médecine ainsi qu’aux biologistes et médecins. Vous trouverez des informations en bactériologie générale et en bactériologie médicale. Un chapitre traite des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Enfin, vous découvrirez un glossaire de bactériologie et une importante liste de liens.

http://anne.decoster.free.fr/
Cours, en particulier, de bactériologie rédigé en français par des enseignants de la Faculté Libre de Médecine de Lille. Ce cours aborde la bactériologie générale (structure, taxonomie), puis les différents genres bactériens sont traités en détail.

http://umr5558-mq1.univ-lyon1.fr/moinwiki/sudD1/moin.cgi
Cours en français. Après une partie consacrée à la bactériologie générale (structure, multiplication et pouvoir pathogène des bactéries), une large place est consacrée aux antibiotiques avec, en particulier, leurs modes d’action et le déterminisme de la résistance bactérienne aux antibiotiques.

http://pathmicro.med.sc.edu/book/bact-sta.htm
Site de l’University of South Carolina. Ce site traite des sujets courants de bactériologie. Les cours sont accessibles sous forme de fichiers téléchargeables PowerPoint ou Acrobat. Les cours sont aussi disponibles sous forme de vidéos téléchargeables sous différents formats (en anglais ).

http://www.bacteriologie.net/index.html
Cours en français : Abrégé de bactériologie générale et de bactériologie médicale de J.P. Euzéby. La bactériologie générale traite des sujets habituels dans ce domaine : de la structure des bactéries à la résistance bactérienne aux antibiotiques. La bactériologie médicale aborde uniquement certains genres bactériens.

Articles scientifiques en ligne

http://hal.archives-ouvertes.fr/
Hyper Article en Ligne. Ce site est un outil de communication directe entre chercheurs. Il comporte des documents scientifiques de toutes disciplines. Les articles peuvent être trouvés en balayant les champs par sujet, par année de publication ou d’écriture, par type de publication, par collection, par thèse ou en utilisant l’outil de recherche.

http://www.cdc.gov/ncidod/EID/
Emerging Infectious Diseases. Journal en ligne présentant des articles sur les maladies infectieuses nouvelles ou ré-émergentes dans le monde (en anglais ).

http://www.pubmedcentral.nih.gov/tocrender.fcgi?journa =83&action=archive
Applied and Environmental Microbiology. Publication en ligne de l’American Society for Microbiology. Les articles sont en accès libre sur le site de PubMed Central 4 mois après leur publication. Ce journal est spécialisé dans la microbiologie environnementale et alimentaire et dans la microbiologie générale appliquée.Les archives contiennent les numéros à partir de Janvier 1953 (en anglais ).

http://www.pubmedcentral.nih.gov/tocrender.fcgi?journal=88&action=archive
Journal of Bacteriology. Publication en ligne de l’American Society for Microbiology. Les articles sont en accès libre sur le site de PubMed Central 4 mois après leur publication. Le journal a pour objectif d’apporter des connaissances fondamentales dans le domaine des bactéries et d’autres microorganismes. Les archives contiennent les numéros à partir de Décembre 1937 (en anglais ).

http://www.pubmedcentral.nih.gov/tocrender.fcgi?journal=90&action=archive
Microbiology and Molecular Biology Reviews. Publication en ligne de l’American Society for Microbiology. .Les articles sont en accès libre sur le site de PubMed Central 12 mois après leur publication. Le journal a pour objectif de publier des revues dans les disciplines de la microbiologie, de l’immunologie et de la biologie cellulaire. Les archives contiennent les numéros à partir de Janvier 1916 (en anglais ).

http://salmonella.researchtoday.net/
Journal mensuel en ligne d’accès libre présentant les résumés d’articles sélectionnés concernant les dernières recherches sur Salmonella. Ce journal traite aussi bien de Salmonella typhimurium que de l’intoxication alimentaire, de l’infection et du traitement. Une section apporte des informations générales sur la bactérie. On trouve également une sélection de livres sur le sujet (en anglais ).

http://listeria.researchtoday.net/
Journal mensuel en ligne d’accès libre présentant les résumés d’articles sélectionnés concernant les dernières recherches sur Listeria. Ce journal inclut aussi bien des articles sur Listeria monocytogenes, que sur la listériose, les symptômes, la gestation, les traitements et la sécurité alimentaire (en anglais ).

Livres en ligne

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=mmed.TOC&depth=2
Medical Microbiology : livre en ligne édité par Samuel Baron. Ce livre traite de bactériologie, de virologie, de mycologie et de parasitologie. La section consacrée à la bactériologie apporte des données sur la structure, la classification, le métabolisme et la pathogenèse bactériennes. Les bactéries sont ensuite traitées par genre (en anglais ).

Glossaire

http://www.genomicglossaries.com/
Avant d'utiliser ce glossaire gratuit, très riche en information, il est recommandé de s’enregistrer afin de justifier les dépenses de son maintien. Sinon, chaque haut de page vous proposera cet enregistrement avant de vous donner les informations d’intérêt.Ce glossaire vous donne des définitions soit par les mots-clés soit par la liste des sujets : génomique et protéomique, technologie (par exemple les microarrays), biologie, etc Ce site contient des liens vers d’autres sites intéressant les mêmes domaines (en anglais ).

Sociétés de microbiologie

http://www.asm.org/
Site de la Société Américaine de Microbiologie. La page d’accueil propose des informations organisationnelles et permet l’accès à des publications de la société, à la liste des congrès et autres manifestations. Certaines parties du site sont réservées aux membres (en anglais ).

http://www.fems-microbiology.org/website/nl/default.asp
Fédération des sociétés européennes de microbiologie. La page d’accueil permet un accès à 5 revues de la fédération ainsi qu’à des propositions de subventions et de bourses. Vous trouverez aussi des propositions de postes vacants en microbiologie et serez informés de l’organisation de congrès (en anglais ).

http://www.sfm.asso.fr
Société Française de Microbiologie (SFM). Elle vous présente ses objectifs et ses activités. Le site vous permet d’accéder à des informations sur les congrès et réunions organisés ou sélectionnés par la SFM.

Bases de données - Génomique - Protéomique

http://www.ebi.ac.uk/GenomeReviews/
Site de l’Institut Européen de Bioinformatique. Ce site abrite des bases de données nucléotidiques et protéiques ainsi que des bases de données sur la protéomique, les microarrays et les structures. Il propose aussi une base de données référençant les séquences génomiques annotées de 160 procaryotes. Vous trouverez également des outils pour l’analyse des séquences d’ADN et de protéines (en anglais ).

http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hogenom.html
Hogenom est une base de données de séquences homologues provenant d’organismes entièrement séquencés. Les protéines homologues sont classées par familles. Vous avez également accès aux alignements multiples et aux arbres phylogénétiques. Hogenom est particulièrement intéressant pour comparer les génomes et pour l’étude de leur évolution moléculaire (en anglais ).

http://www.expasy.org/
ExPASy (Expert Protein Analysis System) est un serveur dédié à la protéomique. Il est hébergé par l’Institut Suisse de Bioinformatique. ExPASy permet l’analyse des séquences protéiques et de leur structure aussi bien que l’analyse des gels PAGE en 2 dimensions. Ce site propose différentes bases de données ainsi que des outils pour la protéomique et l’analyse de séquences (en anglais ).

http://www.sanger.ac.uk/
L’institut Sanger est spécialisé dans la recherche génomique. Son but est d’approfondir les connaissances des génomes par le séquençage à grande échelle et l’analyse des séquences produites. Ses efforts sont concentrés sur le séquençage de pathogènes et d’organismes modèles. Leurs séquences sont directement accessibles. Vous trouverez également des ressources dans le domaine de la biologie, des bases de données et des logiciels d’analyse (en anglais ).

http://bioinfo.hku.hk/services/menuserv.html
Base de données génétiques et analyse de séquences. Cette base de données et d’analyse des séquences nucléiques et protéiques (Infobiogen) en français est hébergée par le site Biosupport implanté à l’université de Hong Kong.

Images - Photos - Vidéos

http://www.microbiologybytes.com/video/videoindex.html
Ce site maintenu à l’University of Leicester abrite une collection de vidéos dans le domaine de la microbiologie. Vous pouvez ainsi voir des films sur la croissance et la mobilité bactériennes, la phagocytose, les mécanismes d’action de la pénicilline. Des films commentés présentent des procédures de laboratoire en bactériologie comme les techniques de travail en aseptie et la microscopie en contraste de phase (en anglais ).

http://www.bioscience.heacademy.ac.uk/imagebank/search/BLists_Collection.aspx?Bparam=Collection
L’ ImageBank, est produite par le Higher Education Academy Centre for Bioscience. Il contient des images d’accès libre produites principalement par les universitaires, les chercheurs et des particuliers pour une utilisation dans l’éducation ou tout autre utilisation non commerciale. Vous accédez aux images soit par mots-clés, soit au niveau de la liste des sujets soit par la classification systématique (en anglais ).

Collections

http://www.dsmz.de/microorganisms/bacterial_nomenclature.php
DSMZ - Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH constitue la collection allemande de microorganismes et de cultures cellulaires. C’est le centre de ressources biologiques le plus important d’Europe. Il offre plus de 14 000 microorganismes, 550 lignées cellulaires humaines et animales et plus de 6300 cultures déposées en vue de leurs demandes de brevet. Le DSMZ est une organisation indépendante à but non lucratif (en anglais ).